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Taiju, um típico estudante japonês, diz a seu amigo Senku, que ama a ciência, que ele está finalmente prestes a confessar a Yuzuriha, com quem ele esteve secretamente apaixonado por cinco anos. Encontrando-se debaixo de uma árvore de cânfora nos terrenos da escola, assim como Taiju está prestes a confessar, uma luz brilhante aparece no céu. Taiju empurra Yuzuriha para a árvore para protegê-la, mas a luz de repente petrifica toda a humanidade, com todos os humanos na Terra se transformando em pedra. A maioria dos humanos começa a perder sua consciência enquanto todos os vestígios de civilização decaem, mas Taiju continua vivo enquanto os anos progridem por sua motivação de libertar a si mesmo e a Yuzuriha. Eventualmente, Taiju se liberta da pedra e encontra uma mensagem esculpida na árvore que o leva a descobrir que Senku também escapou da pedra, mantendo sua consciência viva contando há quanto tempo ele foi petrificado. Assim, Taiju descobre que a data é agora 5 de outubro de 5738.[6]

Juntos, Taiju e Senku começam a reconstruir a civilização usando o conhecimento científico de Senku. Eles criam nital ; um solvente corrosivo que destrói o revestimento de pedra nas pessoas. Inicialmente, eles planejam libertar Yuzuriha, mas quando os dois são atacados por leões que escaparam de zoológicos e se reproduziram no Japão ao longo dos séculos, eles libertam alguém que Taiju reconhece como Tsukasa Shishio, "O mais Forte Primata do Ensino Fundamental", que utiliza-se de sua força para matar os leões.[6]

Mais tarde eles fazem mais nital para libertar Yuzuriha, mas Senku descobre que durante a infância de Tsukasa, Shishio foi brutalmente espancado por um adulto enquanto ele estava colecionando conchas para sua irmã passando por cirurgia; devido ao homem que acreditava que ele tinha os direitos de pesca para a região, Tsukasa estava roubando as conchas do mar. Assim, dando a Tsukasa uma mentalidade de que somente as "pessoas de coração puro e jovem" deveriam ser revividas, e assim Tsukasa começa a destruir os adultos petrificados. Assim, formam-se dois clãs rivais: o Reino da Ciência de Senku e o Império do Poder de Tsukasa.